Depuis le 22 mars 2006, 93 compagnies aériennes non conformes aux exigences de sécurité ont été interdites de vol dans toute l'UE, en grande partie grâce aux efforts du PE. Si un transporteur est placé sur la liste noire après que des réservations aient été faites, les passagers doivent être informés et dédommagés. La liste est disponible sur Internet et mise à jour chaque fois que nécessaire, et au minimum tous les trois mois. Le Parlement a modifié la proposition initiale, pour que soit décidée une liste européenne commune, basée sur des critères communs, à la place de 25 listes nationales. Il a par ailleurs renforcé les dispositions relatives aux droits des passagers.

Le Parlement européen a approuvé en mai 2006 le budget pour les sept prochaines années. L'Union européenne sera dotée d'un cadre budgétaire - des "perspectives financières" - de 864,4 milliards d'euros pour la période 2007-13. A l'issue de deux années de négociations acharnées avec le Conseil, le Parlement européen a obtenu, en avril 2006, une rallonge de 4 milliards par rapport à ce qu'étaient prêts à débourser les Etats membres. Ils ont privilégié un accord "réaliste" en concentrant leurs efforts sur des politiques qu'ils jugeaient prioritaires.

En novembre 2006, le Parlement européen et le Conseil se sont mis d'accord en deuxième lecture sur le septième programme-cadre de recherche de l'UE (7ème PCR), son principal instrument de financement de la recherche scientifique, qui entrera en vigueur comme prévu le 1er janvier 2007. Le programme couvre la période 2007-2013 (soit sept ans) et dispose d'un budget total (Communauté européenne et Euratom) de plus de €54 milliards. Le PE a fortement soutenu ce programme depuis ses origines et n'a pas ménagé ses efforts pour accélérer la procédure législative menant à son adoption. Il a aussi bataillé ferme pour obtenir le redéploiement de certains des crédits vers ses propres priorités, dont la recherche sur les énergies renouvelables et l'efficacité énergétique, pour promouvoir la participation des petites et moyennes entreprises (PME) dans le 7ème PCR et pour mettre plus en avant les jeunes chercheurs et les femmes. Les députés se sont félicités de la création d'un Conseil européen de la recherche, nouvel instrument destiné à soutenir les recherches aux "frontières de la connaissance" et ont cherché à lui garantir une autonomie réelle.

Le programme d'action intégré dans le domaine de l'Education et de la formation tout au long de la vie regroupe des programmes comme, entre autres, Comenius (écoles jusqu'au niveau du secondaire), Erasmus (enseignement supérieur), Leonardo da Vinci (formation professionnelle). Le budget 2007-2013 du programme d'action intégré approuvé par le Parlement, en octobre 2006, sera de 6,97 milliards d'euros (en prix 2004) au lieu des 6,20 milliards prévus initialement.
Plus d'un million d'étudiants ont déjà participé à Erasmus, programme phare de l'Union européenne, et ce nombre devrait doubler d'ici 2013. Dans le cadre de l'accord global sur les perspectives financières, le PE a réussi à dégager en mai 2006, 400 millions d'euros pour le programme Erasmus qui permettront d'accroître substantiellement le nombre d'étudiants qui en bénéficient. Les députés, dès octobre 2005, avaient préconisé de doubler le montant des bourses accordées aux étudiants dans le cadre du programme d'échange d'Erasmus d'ici 2013. Le budget obtenu est donc très insuffisant.

En ce qui concerne l'élargissement de l'UE, les députés ont veillé à ce que la Roumanie et la Bulgarie ne relâchent pas leurs efforts pour être prêtes à assumer leurs nouvelles responsabilités d'Etats membres le 1er janvier 2007. Le Parlement a adopté ses résolutions finales approuvant l'adhésion des deux pays fin novembre 2006. Les résolutions insistent pour que le Parlement européen demeure associé, au processus de suivi suivant l'adhésion, des progrès étant encore attendus dans plusieurs domaines.
S'ils ont donné leur accord à l'ouverture des négociations à la Turquie en décembre 2004, les députés ont aussi montré qu'ils seraient très vigilants dans ce processus en adressant plusieurs avertissements à Ankara suite au ralentissement des réformes constaté depuis 2005 et aux "manquements persistants" comme la liberté d'expression, la liberté de culte, les droits des minorités et les relations avec Chypre.

Le Parlement européen a voté le 13 décembre 2006, à une très large majorité, en faveur du compromis négocié avec le Conseil sur la réglementation REACH relative à l’enregistrement, l'évaluation et l'autorisation des produits chimiques, mettant ainsi fin à trois ans de négociations avec les Etats membres. Les députés ont estimé qu'un équilibre avait ainsi été trouvé entre les intérêts des consommateurs et de l'environnement d'une part et l'industrie européenne des produits chimiques de l'autre.

Après deux ans de négociation, les députés ont approuvé une directive qui assurera la mise en place de réseaux de collecte des batteries et accumulateurs portables usagés dans l'ensemble de l'UE à l'horizon 2008. Actuellement, seuls six Etats membres ont de tels dispositifs. Les batteries collectées seront recyclées. Des limites strictes ont également été fixées pour la teneur des batteries en cadmium et mercure, substances nuisibles pour l'environnement et la santé. Chaque année, environ 800 000 tonnes de batteries automobiles, 190 000 tonnes d'accumulateurs industriels et 160 000 tonnes de piles portables grand public sont rejetées. Ces piles contiennent des métaux lourds (mercure, plomb et cadmium) nocifs pour l'environnement et la santé humaine. En 2002, les taux de collecte de batteries portables dans les six pays qui ont déjà établi des réseaux étaient les suivants : 59 % en Belgique, 55 % en Suède, 44 % en Autriche, 39 % en Allemagne, 32 % aux Pays-Bas, 16 % en France.
Début 2009, entrera en vigueur une directive imposant la collecte et le recyclage des piles adoptée par le Parlement en juin 2006 après un accord en conciliation avec le Conseil.

Les députés ont adopté, en décembre 2006, une résolution concernant le sommet UE-Russie qui s'est tenu à Helsinki le 24 novembre. La résolution déplore les violations et abus des droits de l'Homme en Russie notamment la torture et les atteintes à la liberté d'expression et se félicite de l'accord dégagé au sujet du paiement des redevances des compagnies aériennes européennes survolant la Sibérie et demande de renforcer la coopération sur les questions énergétiques.

Les articles parus dans les médias en novembre 2005 au sujet de centres de détention secrets de la CIA en Europe de l'Est ont amené le Parlement européen à mettre en place une commission temporaire en janvier 2006 pour enquêter sur ces allégations. Selon son rapport intérimaire publié en juillet 2006, la CIA a été dans certains cas "directement responsable" de restitutions extraordinaires, de la capture, de l'éloignement, de l'enlèvement et de la détention illégaux de terroristes allégués sur le territoire des États membres, sur celui des pays adhérents et des pays candidats", autant d'actes qui constituent des violations du droit international. Il est "invraisemblable", ont estimé les députés, en adoptant leur rapport en juillet 2006, que "certains gouvernements européens n’avaient pas connaissance des activités liées à la restitution extraordinaire qui avaient lieu sur leur territoire". Le rapport final de la commission temporaire est attendu pour février 2007.

Dans une résolution adoptée en juin 2006, les députés recommandent de passer de la période de réflexion à une "période d'analyse". Depuis le rejet du Traité constitutionnel européen par la France et les Pays-Bas, l'UE a décrété une "période de réflexion sur l'avenir de la Constitution européenne". Le Sommet européen des 16 et 17 juin dernier qui aurait dû en marquer la fin, s'était conclu sur un "wait and see".

Dans plusieurs résolutions, le Parlement a défendu une politique commune de l'énergie avec des objectifs contraignants pour les énergies renouvelables, des priorités par secteur et une réduction des émissions de CO2. Il a demandé une augmentation des investissements dans la recherche et le développement dans le but de parvenir à ces objectifs clés que sont la sécurité des approvisionnements, la concurrence et la durabilité. Pour les députés, l'UE devrait devenir d'ici 2020 l'économie la moins dépendante des énergies fossiles et la plus efficace sur le plan énergétique au niveau mondial.